salve leggo oggi, su Repubblica Salute un piccolo box di Paolo Cornaglia Ferraris che cita appunto chromosome microarrays e exome sequencing qualcuno puo' fare un breve "riassunto" di quel che sta dietro queste espressioni? grazie Luca Egidio
Buongiorno, Non ho visto il trafiletto su Repubblica di cui parla, quindi non mi posso riferire al contesto, ad ogni modo, molto brevemente: chromosome microarrays: si tratta di una tecnica di analisi del genoma che permette di rilevare la presenza di riarrangiamenti (delezioni o duplicazioni,cioe' perdita a acquisizione di tratti di DNA), di dimensioni piu' piccole di quelle normalmente visibili con la tradizionale analisi dei cromosomi (carioptipo). Questo permette di evidenziare alterazioni del DNA che potrebbero essere la causa di una patologia, come per esempio l'autismo, in un certo numero di casi. Tramite il microarrays pero' nono sono rilevabili le alterazioni della sequenza del DNA ancora piu' piccole, quelle che interessano una o poche basi. Cosa che invece e' possibile attraverso l'Exome sequencing Exome sequencing: permette di determinare la sequenza di tutte le porzioni del genoma che codificano per proteine Spero che questo "riassunto" possa essere utile, Cordialmente, Elena Maestrini
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chromosome microarrays e exome sequencing
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grazie
Luca Egidio
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Sulla genetica (comprese le tecniche) ho recentemente fatto un'intervista al Dott. Sacco. Ne approfitto per rendervi partecipi: http://www.spazioasperger.it/caratteristiche-dell-asperger/80-genetica-e-amb... Il giorno 27/mar/2012, alle ore 14.07, Elena Maestrini ha scritto:
Buongiorno,
Non ho visto il trafiletto su Repubblica di cui parla, quindi non mi posso riferire al contesto, ad ogni modo, molto brevemente: chromosome microarrays: si tratta di una tecnica di analisi del genoma che permette di rilevare la presenza di riarrangiamenti (delezioni o duplicazioni,cioe' perdita a acquisizione di tratti di DNA), di dimensioni piu' piccole di quelle normalmente visibili con la tradizionale analisi dei cromosomi (carioptipo). Questo permette di evidenziare alterazioni del DNA che potrebbero essere la causa di una patologia, come per esempio l'autismo, in un certo numero di casi. Tramite il microarrays pero' nono sono rilevabili le alterazioni della sequenza del DNA ancora piu' piccole, quelle che interessano una o poche basi. Cosa che invece e' possibile attraverso l'Exome sequencing Exome sequencing: permette di determinare la sequenza di tutte le porzioni del genoma che codificano per proteine
Spero che questo "riassunto" possa essere utile,
Cordialmente, Elena Maestrini
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grazie
Luca Egidio
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Sperando vi sia tempo, nell'evento di Ferrara su "Cos'è questa cosa chiamata autismo" citerò con la fonte i Quesiti & Risposte di D. Mariani-Cerati e E. Maestrini come segue: 1. Qual’è il peso delle malattie monogeniche nello spettro autistico? a) le spiegazioni genetiche del fenotipo autistico comprendono – circa 5% sindromi note (X Fragile, mutazioni di PTEN, sindrome di Rett, sclerosi tuberosa, ecc) – circa 5% anomalie cromosomiche visibili citogeneticamente – 10-20% delezioni o duplicazioni submicroscopiche identificabili con i microarrays b) Non si sa di genotipi necessari e sufficienti per il fenotipo autistico, infatti vi sono portatori sani di geni presunti autistici e persone con tratti autistici senza quei particolari geni 2. Che utilità hanno le diagnosi genetiche senza conseguenze terapeutiche? a) Counselling riproduttivo rispetto alla ricorrenza (in media rischio del 10% variabile da 1-2% a 50% a seconda dell’eziologia genetica) b) Prevenzione delle complicazioni comunicative, relazionali e comportamentali con interventi psicoeducativi strutturati precoci 3. Quanto pesano mutazioni e CNV nel determinare la prevalenza di maschi? a) Resta ancora non spiegata la preponderanza di maschi con autismo che, peraltro, non è così evidente nei casi senza disabilità mentale conclamata b) è plausibile un effetto soglia rispetto all’accumulo di molteplici piccole variazioni di DNA (e il cervello nel suo complesso è il tavolo di negoziazione tra genetica ed epigenetica fin da prima della nascita) Con l'occasione esprimo riconoscenza per tutti i partecipanti al forum per gli stimoli teorici e pratico-politici che ci si dà reciprocamente in barba alle distanze geografiche e temporali che rendono impossibile dialogare in altro modo. I metodi diversi rischiano di farci credere che possano esistere verità diverse. Sarebbe questo un errore epistemologico oscurantista come avveniva ai tempi di Galileo... Stefano Palazzi On 31 Mar 2012, at 05:22, David Vagni wrote:
Sulla genetica (comprese le tecniche) ho recentemente fatto un'intervista al Dott. Sacco. Ne approfitto per rendervi partecipi:
http://www.spazioasperger.it/caratteristiche-dell-asperger/80-genetica-e-amb...
Il giorno 27/mar/2012, alle ore 14.07, Elena Maestrini ha scritto:
Buongiorno,
Non ho visto il trafiletto su Repubblica di cui parla, quindi non mi posso riferire al contesto, ad ogni modo, molto brevemente: chromosome microarrays: si tratta di una tecnica di analisi del genoma che permette di rilevare la presenza di riarrangiamenti (delezioni o duplicazioni,cioe' perdita a acquisizione di tratti di DNA), di dimensioni piu' piccole di quelle normalmente visibili con la tradizionale analisi dei cromosomi (carioptipo). Questo permette di evidenziare alterazioni del DNA che potrebbero essere la causa di una patologia, come per esempio l'autismo, in un certo numero di casi. Tramite il microarrays pero' nono sono rilevabili le alterazioni della sequenza del DNA ancora piu' piccole, quelle che interessano una o poche basi. Cosa che invece e' possibile attraverso l'Exome sequencing Exome sequencing: permette di determinare la sequenza di tutte le porzioni del genoma che codificano per proteine
Spero che questo "riassunto" possa essere utile,
Cordialmente, Elena Maestrini
salve leggo oggi, su Repubblica Salute un piccolo box di Paolo Cornaglia Ferraris che cita appunto chromosome microarrays e exome sequencing
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Luca Egidio
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Da quanto scritto si comprende che le sindromi autistiche sono frequenti (CDC oggi dice 1 su 88 bambini) ma le cause finora note sono tutte rare. Non vorrei essere monotono e ripetitivo, ma nel campo delle malattie rare devo ricordare che fino ad ora soltanto quando si è scoperta una specifica causa biologica è potuto iniziare il lavoro delle associazioni di genitori per innescare ricerche, che a distanza di anni possono dare i loro frutti per trovare una cura causale e non soltanto sintomatica. Quindi chiedo che si faccia il possibile per progredire nelle diagnosi etiologiche, non soltanto per esigenze di prevenzione genetica della coppia, ma anche distinguere sempre più cause (necessarie anche se non sufficienti, come indicato nella intervista di Sacco, profittando della convenzione col SSN che renderà gratuita l'analisi sia a Milano che a Roma. cordiali saluti Carlo Il 31 marzo 2012 10:21, Stefano Palazzi <[email protected]> ha scritto:
Sperando vi sia tempo, nell'evento di Ferrara su "Cos'è questa cosa chiamata autismo" citerò con la fonte i Quesiti & Risposte di D. Mariani-Cerati e E. Maestrini come segue:
1. Qual’è il peso delle malattie monogeniche nello spettro autistico?
a) le spiegazioni genetiche del fenotipo autistico comprendono – circa 5% sindromi note (X Fragile, mutazioni di PTEN, sindrome di Rett, sclerosi tuberosa, ecc) – circa 5% anomalie cromosomiche visibili citogeneticamente – 10-20% delezioni o duplicazioni submicroscopiche identificabili con i microarrays b) Non si sa di genotipi necessari e sufficienti per il fenotipo autistico, infatti vi sono portatori sani di geni presunti autistici e persone con tratti autistici senza quei particolari geni
2. Che utilità hanno le diagnosi genetiche senza conseguenze terapeutiche? a) Counselling riproduttivo rispetto alla ricorrenza (in media rischio del 10% variabile da 1-2% a 50% a seconda dell’eziologia genetica) b) Prevenzione delle complicazioni comunicative, relazionali e comportamentali con interventi psicoeducativi strutturati precoci
3. Quanto pesano mutazioni e CNV nel determinare la prevalenza di maschi? a) Resta ancora non spiegata la preponderanza di maschi con autismo che, peraltro, non è così evidente nei casi senza disabilità mentale conclamata b) è plausibile un effetto soglia rispetto all’accumulo di molteplici piccole variazioni di DNA (e il cervello nel suo complesso è il tavolo di negoziazione tra genetica ed epigenetica fin da prima della nascita)
Con l'occasione esprimo riconoscenza per tutti i partecipanti al forum per gli stimoli teorici e pratico-politici che ci si dà reciprocamente in barba alle distanze geografiche e temporali che rendono impossibile dialogare in altro modo. I metodi diversi rischiano di farci credere che possano esistere verità diverse. Sarebbe questo un errore epistemologico oscurantista come avveniva ai tempi di Galileo...
Stefano Palazzi
On 31 Mar 2012, at 05:22, David Vagni wrote:
Sulla genetica (comprese le tecniche) ho recentemente fatto un'intervista al Dott. Sacco. Ne approfitto per rendervi partecipi:
http://www.spazioasperger.it/caratteristiche-dell-asperger/80-genetica-e-amb...
Il giorno 27/mar/2012, alle ore 14.07, Elena Maestrini ha scritto:
Buongiorno,
Non ho visto il trafiletto su Repubblica di cui parla, quindi non mi posso riferire al contesto, ad ogni modo, molto brevemente: chromosome microarrays: si tratta di una tecnica di analisi del genoma che permette di rilevare la presenza di riarrangiamenti (delezioni o duplicazioni,cioe' perdita a acquisizione di tratti di DNA), di dimensioni piu' piccole di quelle normalmente visibili con la tradizionale analisi dei cromosomi (carioptipo). Questo permette di evidenziare alterazioni del DNA che potrebbero essere la causa di una patologia, come per esempio l'autismo, in un certo numero di casi. Tramite il microarrays pero' nono sono rilevabili le alterazioni della sequenza del DNA ancora piu' piccole, quelle che interessano una o poche basi. Cosa che invece e' possibile attraverso l'Exome sequencing Exome sequencing: permette di determinare la sequenza di tutte le porzioni del genoma che codificano per proteine
Spero che questo "riassunto" possa essere utile,
Cordialmente, Elena Maestrini
salve
leggo oggi, su Repubblica Salute
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chromosome microarrays e exome sequencing
qualcuno puo' fare un breve "riassunto" di quel che sta dietro queste espressioni?
grazie
Luca Egidio
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-- Prof. Carlo Hanau docente di Statistica medica e di Programmazione e organizzazione dei servizi sociali e sanitari Dipartimento di Educazione e Scienze umane Facoltà di Scienze della Formazione Università di Modena e Reggio Emilia via Allegri, 9 42121 Reggio Emilia Università di Modena e Reggio Emilia
Mi risulta che anche a Bologna (UO Genetica Medica Prof Seri) e' possibile effettuare l'analisi dei cromosomi con array-CGH. Cordialmente, EM
Da quanto scritto si comprende che le sindromi autistiche sono frequenti (CDC oggi dice 1 su 88 bambini) ma le cause finora note sono tutte rare. Non vorrei essere monotono e ripetitivo, ma nel campo delle malattie rare devo ricordare che fino ad ora soltanto quando si è scoperta una specifica causa biologica è potuto iniziare il lavoro delle associazioni di genitori per innescare ricerche, che a distanza di anni possono dare i loro frutti per trovare una cura causale e non soltanto sintomatica. Quindi chiedo che si faccia il possibile per progredire nelle diagnosi etiologiche, non soltanto per esigenze di prevenzione genetica della coppia, ma anche distinguere sempre più cause (necessarie anche se non sufficienti, come indicato nella intervista di Sacco, profittando della convenzione col SSN che renderà gratuita l'analisi sia a Milano che a Roma. cordiali saluti Carlo
Il 31 marzo 2012 10:21, Stefano Palazzi <[email protected]> ha scritto:
Sperando vi sia tempo, nell'evento di Ferrara su "Cos'è questa cosa chiamata autismo" citerò con la fonte i Quesiti & Risposte di D. Mariani-Cerati e E. Maestrini come segue:
1. Qual'è il peso delle malattie monogeniche nello spettro autistico?
a) le spiegazioni genetiche del fenotipo autistico comprendono - circa 5% sindromi note (X Fragile, mutazioni di PTEN, sindrome di Rett, sclerosi tuberosa, ecc) - circa 5% anomalie cromosomiche visibili citogeneticamente - 10-20% delezioni o duplicazioni submicroscopiche identificabili con i microarrays b) Non si sa di genotipi necessari e sufficienti per il fenotipo autistico, infatti vi sono portatori sani di geni presunti autistici e persone con tratti autistici senza quei particolari geni
2. Che utilità hanno le diagnosi genetiche senza conseguenze terapeutiche? a) Counselling riproduttivo rispetto alla ricorrenza (in media rischio del 10% variabile da 1-2% a 50% a seconda dell'eziologia genetica) b) Prevenzione delle complicazioni comunicative, relazionali e comportamentali con interventi psicoeducativi strutturati precoci
3. Quanto pesano mutazioni e CNV nel determinare la prevalenza di maschi? a) Resta ancora non spiegata la preponderanza di maschi con autismo che, peraltro, non è così evidente nei casi senza disabilità mentale conclamata b) è plausibile un effetto soglia rispetto all'accumulo di molteplici piccole variazioni di DNA (e il cervello nel suo complesso è il tavolo di negoziazione tra genetica ed epigenetica fin da prima della nascita)
Con l'occasione esprimo riconoscenza per tutti i partecipanti al forum per gli stimoli teorici e pratico-politici che ci si dà reciprocamente in barba alle distanze geografiche e temporali che rendono impossibile dialogare in altro modo. I metodi diversi rischiano di farci credere che possano esistere verità diverse. Sarebbe questo un errore epistemologico oscurantista come avveniva ai tempi di Galileo...
Stefano Palazzi
On 31 Mar 2012, at 05:22, David Vagni wrote:
Sulla genetica (comprese le tecniche) ho recentemente fatto un'intervista al Dott. Sacco. Ne approfitto per rendervi partecipi:
http://www.spazioasperger.it/caratteristiche-dell-asperger/80-genetica-e-amb...
Il giorno 27/mar/2012, alle ore 14.07, Elena Maestrini ha scritto:
Buongiorno,
Non ho visto il trafiletto su Repubblica di cui parla, quindi non mi posso riferire al contesto, ad ogni modo, molto brevemente: chromosome microarrays: si tratta di una tecnica di analisi del genoma che permette di rilevare la presenza di riarrangiamenti (delezioni o duplicazioni,cioe' perdita a acquisizione di tratti di DNA), di dimensioni piu' piccole di quelle normalmente visibili con la tradizionale analisi dei cromosomi (carioptipo). Questo permette di evidenziare alterazioni del DNA che potrebbero essere la causa di una patologia, come per esempio l'autismo, in un certo numero di casi. Tramite il microarrays pero' nono sono rilevabili le alterazioni della sequenza del DNA ancora piu' piccole, quelle che interessano una o poche basi. Cosa che invece e' possibile attraverso l'Exome sequencing Exome sequencing: permette di determinare la sequenza di tutte le porzioni del genoma che codificano per proteine
Spero che questo "riassunto" possa essere utile,
Cordialmente, Elena Maestrini
salve
leggo oggi, su Repubblica Salute
un piccolo box di Paolo Cornaglia Ferraris che cita appunto
chromosome microarrays e exome sequencing
qualcuno puo' fare un breve "riassunto" di quel che sta dietro queste espressioni?
grazie
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-- Prof. Carlo Hanau docente di Statistica medica e di Programmazione e organizzazione dei servizi sociali e sanitari Dipartimento di Educazione e Scienze umane Facoltà di Scienze della Formazione Università di Modena e Reggio Emilia via Allegri, 9 42121 Reggio Emilia Università di Modena e Reggio Emilia
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Buongiorno, Grazie per aver riassunto le mie risposte, vorrei solo aggiungere alcune precisazioni riguardo a quanto ho scritto nell'email precedente, sperando che questo possa essere utile
"b) Non si sa di genotipi necessari e sufficienti per il fenotipo autistico, infatti vi sono portatori sani di geni presunti autistici e persone con tratti autistici senza quei particolari geni"
Non e' esattamente questo che intendevo dire. Infatti si conoscono gia' molti loci/geni che quando alterati causano il fenotipo autistico (ma ognuno di questi e' alterato in un piccolo numero di casi). In una review di Catalina Betancour ne sono stati contati piu' di cento, e molti altri devono essere ancora identificati...(http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006899310025916). Quello che intendevo dire e' che talvolta la situazione non sempre cosi' "bianco o nero". Ad esempio alcuni CNV hanno un chiaro ruolo patologico ma si manifestano associati a fenotipi piuttosto diversi tra loro.
2. Che utilità hanno le diagnosi genetiche senza conseguenze terapeutiche? a) Counselling riproduttivo rispetto alla ricorrenza (in media rischio del 10% variabile da 1-2% a 50% a seconda dell'eziologia genetica) b) Prevenzione delle complicazioni comunicative, relazionali e comportamentali con interventi psicoeducativi strutturati precoci
Credo che sia importante anche ribadire che la scoperta delle cause eziologiche e' fondamentale per stimolare la ricerca su nuovi target farmacologici piu' mirati. E' evidente che l'eziologia dell'autismo e' caratterizzata da un alto grado di eterogeneità (tante alterazioni in geni diversi, ognuna rara), ma e' plausibile che i geni implicati facciano parte di pathways comuni. Ogni singola alterazione genetica sara' quindi rara, ma diverse di queste potranno presumibilemtne essere "raggruppate" come facenti parte dello stesso pathway o meccanismo biologico, sul quale si potra' focalizzare la ricerca farmacologica. Cordiali saluti, Elena Maestrini
Sperando vi sia tempo, nell'evento di Ferrara su "Cos'è questa cosa chiamata autismo" citerò con la fonte i Quesiti & Risposte di D. Mariani-Cerati e E. Maestrini come segue:
1. Qual'è il peso delle malattie monogeniche nello spettro autistico?
a) le spiegazioni genetiche del fenotipo autistico comprendono - circa 5% sindromi note (X Fragile, mutazioni di PTEN, sindrome di Rett, sclerosi tuberosa, ecc) - circa 5% anomalie cromosomiche visibili citogeneticamente - 10-20% delezioni o duplicazioni submicroscopiche identificabili con i microarrays b) Non si sa di genotipi necessari e sufficienti per il fenotipo autistico, infatti vi sono portatori sani di geni presunti autistici e persone con tratti autistici senza quei particolari geni
3. Quanto pesano mutazioni e CNV nel determinare la prevalenza di maschi? a) Resta ancora non spiegata la preponderanza di maschi con autismo che, peraltro, non è così evidente nei casi senza disabilità mentale conclamata b) è plausibile un effetto soglia rispetto all'accumulo di molteplici piccole variazioni di DNA (e il cervello nel suo complesso è il tavolo di negoziazione tra genetica ed epigenetica fin da prima della nascita)
Con l'occasione esprimo riconoscenza per tutti i partecipanti al forum per gli stimoli teorici e pratico-politici che ci si dà reciprocamente in barba alle distanze geografiche e temporali che rendono impossibile dialogare in altro modo. I metodi diversi rischiano di farci credere che possano esistere verità diverse. Sarebbe questo un errore epistemologico oscurantista come avveniva ai tempi di Galileo...
Stefano Palazzi
On 31 Mar 2012, at 05:22, David Vagni wrote:
Sulla genetica (comprese le tecniche) ho recentemente fatto un'intervista al Dott. Sacco. Ne approfitto per rendervi partecipi:
Il giorno 27/mar/2012, alle ore 14.07, Elena Maestrini ha scritto:
Buongiorno,
Non ho visto il trafiletto su Repubblica di cui parla, quindi non mi posso riferire al contesto, ad ogni modo, molto brevemente: chromosome microarrays: si tratta di una tecnica di analisi del genoma che permette di rilevare la presenza di riarrangiamenti (delezioni o duplicazioni,cioe' perdita a acquisizione di tratti di DNA), di dimensioni piu' piccole di quelle normalmente visibili con la tradizionale analisi dei cromosomi (carioptipo). Questo permette di evidenziare alterazioni del DNA che potrebbero essere la causa di una patologia, come per esempio l'autismo, in un certo numero di casi. Tramite il microarrays pero' nono sono rilevabili le alterazioni della sequenza del DNA ancora piu' piccole, quelle che interessano una o poche basi. Cosa che invece e' possibile attraverso l'Exome sequencing Exome sequencing: permette di determinare la sequenza di tutte le porzioni del genoma che codificano per proteine
Spero che questo "riassunto" possa essere utile,
Cordialmente, Elena Maestrini
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