[autismo-biologia] esami genetici: un caso

[Elena Maestrini]

Buongiorno,
Ho letto il messaggio inoltrato da Daniela riguardante l’interpretazione di un esame genetico e provo a dare una risposta.
Per quanto riguarda l’interpretazione del significato patologico della variante rs35811023 riscontrata nel gene WDR62, mi pare di poter confermare le informazioni fornite, cioe’ che questa variante non abbia un significativo ruolo patologico, sebbene non è possibile escludere con assoluta certezza che possa avere piccolo effetto agendo in concomitanza con altri fattori . Questa variante infatti risulta classificata come di “significato incerto” o “probabilmente benigna" da ClinVar, il database che riporta le relazioni tra varianti genetiche  e fenotipi. Inoltre i principali tools di predizione bioinformatica classificano la variante come tollerata o benigna. Il fatto che la  variante risulti ereditata per via materna, e che lo zio della bambina sia omozigote per la variante stessa, confermano che la variante non abbia un ruolo patologico (mentre sarebbe stato possibile ipotizzare una possibile correlazione con il fenotipo della bambina se invece la variante fosse stata “de novo” cioe’ assente nei genitori). Per quanto riguarda questa specifica variante quindi non sono necessarie ulteriori indagini.
L’analisi dell’esoma potrebbe dare informazioni piu’ complete su varianti genetiche presenti nell'intera porzione codificante del genoma (in aggiunta all'esame di microarray, che suppongo sia gia’ stato eseguito), ma, spesso, anche questa indagine non porta ad una identificazione di una chiara causa genetica. A ciò concorrono vari fattori, tra cui, il fatto che varianti patologiche potrebbero trovarsi al di fuori delle regioni dell’esoma (negli introni o nelle regioni intergeniche) e quindi non rilevabili con tale approccio, ed il fatto che il significato patologico di molto varianti non è sempre facilmente prevedibile. Alla complessità del problema  si aggiunge l’origine multigenica dell’autismo, per cui in un singolo individuo le mutazioni correlate al fenotipo potrebbero non solo una, ma molteplici.

cordiali saluti
Elena Maestrini




> On 28 May 2018, at 11:11, daniela a autismo33.it wrote:
> 
> Cari amici della lista,
>         faccio un copia e incolla di un messaggio che non puo’ essere
> liberato, in quanto dall’indirizzo si puo’  evincere il nome e
> cognome del mittente, che dichiara di essere zio della paziente e
> pertanto da questo si potrebbe risalire all’identitá della
> paziente. Ricordo che la disabilitá, e la malattia in generale, é
> un dato sensibile e solo l’interessato o, nel caso di minori, i
> genitori, possono parlare a titolo personale.
> Ricordo inoltre che la lista autismo-biologia é nata per discutere temi di
> clinica e di ricerca scientifica e non per essere un ambulatorio in rete.
> A volte peró, come in questo caso, penso che possa essere utile discutere
> un caso clinico per fare poi considerazioni di carattere generale
> sull’interpretazione dei dati di laboratorio alla luce delle conoscenze
> che possediamo al momento attuale
>  Daniela MC
> 
>        Ed ora il messaggio
> 
> vi scrivo per avere delucidazioni riguardo gli esami genetici effettuati
> su mia nipote. Attualmente ha 5 anni ed è affetta da autismo ( livello di
> sintomi alto su scala ADOS), cognitivo nella norma, microcefalia.
> All'esame per la ricerca di mutazioni in geni noti associati o
> potenzialmente associati alla microcefalia primitiva autosomica recessiva
> MCPH ( targeted resequencing-ngs),
> il risultato è stato il seguente:
> 
> WDR62; chr19:36594676; c.3946C>G ( rs35811023); p. Gln131glu; eterozigote;
> missenso, VUS ( classe3).
> 
> Ci è stato riferito, che tale variante, non sembrerebbe correlare da sola,
> al fenotipo della piccola anche se non si può escludere in modo assoluto
> un possibile coinvolgimento quale concausa.
> Viene consigliato nel referto, lo studio dei genitori, ma questo non è mai
> stato fatto, in quanto si ritiene nella pratica, poco utile.
> Non volendoci rassegnare, abbiamo eseguito privatamente degli esami, per
> vederci più chiaro, consapevoli di potere andare incontro a fallimento.
> Ecco i risultati:
> 
> Bambina: mutazione in eterozigosi C/G del polimorfismo rs35811023 del gene
> WDR62
> 
> Mamma:mutazione in eterozigosi C/G del polimorfismo rs35811023 del gene WDR62
> 
> Papà: nessuna mutazione.
> 
> Lo zio, fratello della mamma, presenta: mutazione in omozigosi G/G del
> polimorfismo rs35811023 del gene WDR62
> 
> Mi chiedevo, se tale mutazione, presente sia nella mamma che nello zio,
> potrebbe avere un significato, rispetto l'insorgenza della variante
> genomica e se la presenza della stessa variante nello zio, merita
> ulteriori approfondimenti vista la ricerca di una gravidanza.
> 
> Specifico, che la bambina è già stata sottoposta ad altri esami genetici
> ove non è stato riscontrato nulla, ma l'unica anomalia di significato
> incerto, è insorta nell'esame per la microcefalia.
> E' stato proposto, analisi dell intero esoma, ma con tempi biblici.
> 
> 
> 
> _______________________________________________
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